У квітні 1747 року, у 6-річному віці, принц отримав титул Великого сина Імператора, а за два місяці батько передав йому монарший престол. В жовтні того ж року хлопець пройшов церемонію інтронізації й став новим Імператором Японії[5].
Імператор Момодзоно правив лише 15 років. За його правління спалахнув «інцидент 1758 року», коли група молодих його наближених на чолі з Такеноуті Такамоті виступила з критикою сьоґунату та вельможного радникаІтідзьо Мітіки, що керували Імператорським двором. Критики були покарані, в результаті чого Імператор Момодзоно залишився без друзів і прислуги. Протести монарха проти репересивних дій радника спричинили ізоляцію Імператора в палаці та ослабили його здоров'я[5].
