Відоме з першої половини XII ст. У період з 1618 р. до 1648 р., коли Лівобережна Україна була під владою Польщі, володіли польські намісники О. Пісочинський та Ян Куницький.
1764 року у зв'язку з ліквідацією гетьманства с. Шептаки було виведене з-під гетьманської булави. Населені пункти Шептаківської сотні увійшли до Новгород-Сіверського намісництва.
Станом на 866 р. — 271 двір, 2235 жителів. За даними на 1859 рік у козацькому й власницькому селі Новгород-Сіверського повітуЧернігівської губернії мешкало 2235 осіб (1084 чоловічої статі та 1151 — жіночої), налічувалось 271 дворове господарство, існували 2 православні церкви, сільське училище, волосне правління, сільська розправа[1].
Станом на 1886 у колишньому державному й власницькому селі Мамекинської волості мешкало 2121 особа налічувалось 436 дворових господарств, існували 2 православні церкви, 2 постоялих будинки, водяний і вітряний млини[2].
За даними на 1893 рік у поселенні мешкало 3235 осіб (1607 чоловічої статі та 1628 — жіночої), налічувалось 447 дворових господарства[3].
За переписом 1897 року кількість мешканців зросла до 2704 осіб (1292 чоловічої статі та 1412 — жіночої), з яких 2683 — православної віри[4].
У роки Другої Світової війни в боях загинуло 360 жителів с. Шептаків.
12 червня2020 року, відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України № 730-р «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Чернігівської області», увійшло до складу Новгород-Сіверської міської громади.[5]
19 липня 2020 року, в результаті адміністративно - територіальної реформи та ліквідації колишнього Новгород-Сіверського району, село увійшло до новоствореного Новгород-Сіверського району Чернігівської області[6].
У XVII ст. в Шептаках була заснована козацька Михайлівська церква, яка в середині XIX ст. стала Цвинтарною та Христоріздвяна — гетьманська. У 1774 р. за наказом гетьмана Розумовського в Шептаках замість старої Христоріздвяної церкви була побудована нова Христоріздвяна. Вона зроблена з дерева з дзвіницею, де встановили дзвін вагою 81 пуд, відлитий у Москві на заводі Богданова.