Село засноване 1624 року. За переписом 1897 року кількість мешканців становила 523 осіб (255 чоловічої статі та 268 — жіночої), з яких 523 — православної віри[2].
19 травня 2016 року Постановою Верховної Ради України село Червоний Колодязь перейменоване на Чистий Колодязь[3].
12 червня 2020 року, відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України № 730-р «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Чернігівської області», увійшло до складу Лосинівської селищної громади[4].
