Працював у лабораторії Іллі Мечникова спочатку в Одесі, а пізніше в Парижі. У Франції винайшов протихолерну вакцину. Уряд царської Росії відмовився застосовувати винахід політичного противника російської імперії. Після відмови використовувати протихолерну вакцинацію в низці країн Європи, Володимир Хавкін з 1896 року працював в Індії, де створив першу в історії вакцину проти чуми. Зусилля науковця знайшли підтримку в уряду Великої Британії. Досліди з винайденими вакцинами Хавкін найчастіше проводив на власному організмі. В Індії було вакциновано понад 4 мільйонів людей. Хавкін був призначений головним бактеріологом країни та директором Бомбейської протичумної лабораторії (Мумбаї). Пізніше ця лабораторія була перетворена на інститут Хафкіна (Haffkine Institute[en]).
Володимир Хавкін обраний почесним членом багатьох наукових товариств та академій країн Європи й Азії. За рік до смерті він заповів власні кошти (500 тисяч доларів США) на створення фонду заохочення молодих наукових талантів, який існує й досі.
В Ізраїлі комітет пам'яті Хавкіна організував урочисту посадку 1000 дерев у відомому лісі миру імені Кеннеді, де нині розташований меморіальний гай Володимира Хавкіна.
Вшанування пам'яті
На честь Володимира Хавкіна названі вулиці в Одесі та Бердянську (у 2016 році вулиця Фрунзе в цьому місті перейменована на вулицю Володимира Хавкіна).[джерело?]
Joël Hanhart. ["Haffkine, une esquisse: biographie intellectuelle et analytique de Waldemar Mordekhaï Haffkine"], [Thèse de médecine] (2 vol.), 2013, Université de Lausanne. (фр.)