Гімназійна освітня програма охоплювала середню освіту на базовому та профільному рівнях[4], а навчально-виховний процес передусім був побудований на національно-патріотичному та культурному вихованні гімназистів, розвитку гімназійних традицій і краєзнавчій роботі, пов’язаній із вивченням історії міста.[5]
У 1991 році вперше вийшов у світ гімназійний часопис «Животоки».
У 1992 директором призначено Зіновія Личука.
У вересні 1993 року на приміщенні гімназії відкрили пам'ятну таблицю гімназистам І. Греню, М. Гриньківу, М. Крушельницькому, М. Млинку, Р. Пасіці, М. Персу, П. Поліщуку, Л. Сеньківському, Я. Стасюку, яких у 1941 році заарештувало НКВС, а згодом вони загинули в ув'язненні.
У 1998 призначено нового очільника — Михайла Вавриковича.
1999 року відкрили «Франкову світлицю», 2001 — музей історії гімназії.
У 2007 гімназію очолив Анатолій Крижанівський.
Впроваджено технологію психолого-педагогічного проектування особистісного розвитку учнів.[5]
Влітку 2013 року проведено ремонт фасаду будівлі.[7]
З 2017 року постійно очолює обласний рейтинг і входить у 200 кращих освітніх закладів України за результатами ЗНО,[8] а також рейтинги області за підсумками Всеукраїнських учнівських олімпіад.[9] У різні роки була відзначена у номінаціях «Школа-ерудит», «Школа-краєзнавець», «Найпрестижніший та найпопулярніший навчальний заклад» і стала переможцем у Всеукраїнському конкурсі «Школа успіху».[5]
У 2019 році проведено реконструкцію внутрішнього дворику: висаджено дерева, змонтовано велику шахову дошку, облаштовано зони відпочинку для дітей та малий амфітеатр.[10]
З 2020 року реалізовується інноваційний освітній експеримент регіонального рівня в закладах освіти «Впровадження Української Хартії вільної людини в освітній процес».[5]
2020 року проведено благоустрій ділянки біля головного входу: оновлено газони, дерева, бруківку, огорожу та встановлено спеціальні колони.[11]
У 2020 та 2021 роках увійшла до рейтингу ТОП 100 шкіл України за версією журналу Фокус.[3][12]
У період з 2005 по 2021 у гімназії засновано ряд відзнак для гімназистів і вчителів:
6 червня 2023 року діяльність гімназії припинено, у наслідок реорганізації двох закладів і злиття з Технічним ліцеєм. На їх базі створенно новий навчальний заклад, який, зважаючи на історичну спадщину, носитиме схожу назву — Тернопільський академічний ліцей «Українська гімназія» ім. І.Франка Тернопільської міської ради[1][19].
Рішення про реорганізацію закладів викликало протести гімназистів, їх батьків, педколективу та громадськості. З метою інституційного представлення інтересів батьки гімназистів створили громадську організацію «Каменярі Тернополя» [20][21].
Після хвилі протестів та громадських обговорень депутати міської ради подали звернення про скасування відповідного рішення, однак більшістю голосів реорганізацію було залишено в силі[22]. Разом з тим, відповідного проєкту рішення не було у порядку денному, а тому це голосування не було розглянуто належним чином згідно процедури[23].
Ярема С. Ювілейна книга Української гімназії в Тернополі. До сторіччя заснування. 1898-1998.. - Тернопіль; Львів: Наукове товариство ім. Шевченка; Львівське крайове товариство "Рідна школа", 1998. - 736 с.
