Провулок виник в 1-й третині XX століття, мав назву провулок Чаадаєва, на честь російського філософа Петра Чаадаєва. Назву Степана Сагайдака провулок отримав 1961 року[джерело?].
Ліквідований 1977 року[1] в зв'язку зі знесенням старої забудови Микільської слобідки.