Плавальна програма на Олімпіаді у Пекіні була розширена у порівнянні з минулими Іграми в Афінах. У програму ігор включено плавання на відкритій воді (марафонська дистанція 10 км). Таким чином загальна кількість розігруваних комплектів нагород збільшилася до 34:
Вільний стиль: 50 м, 100 м, 200 м, 400 м, 800 м (тільки жінки), 1500 м (тільки чоловіки), естафета 4×100 м, естафета 4×200 м, марафон 10 км.
Для участі в Олімпіаді спортсменам необхідно було виконати кваліфікаційні нормативи, встановлені Міжнародною федерацією плавання (FINA) для кожної з дисциплін. Національний Олімпійський комітет кожної країни мав право заявити для участі в Олімпіаді двох спортсменів з тих, хто виконав норматив А, або одного спортсмена з тих, хто виконав норматив B (якщо норматив А не було виконано для даної дисципліни жодним спортсменом). Спортсмени повинні були показати ці результати у період з 15 березня2007 року по 15 липня2008 року на змаганнях, що проводилися під егідою FINA.
У плаванні на відкритій воді взяти участь могли десять найкращих спортсменів за результатами чемпіонату світу 2008 і п'ять найшвидших від кожного з п'яти континентів (однак цього права були позбавлені Австралія у чоловіків і ПАР у жінок, оскільки інші плавці з Океанії і плавчині від Африки не брали участі). Одне місце залишалося за Китаєм, як за країною-господаркою, і ще дев'ять спортсменів відбиралися після Олімпійського змагання з марафонського плавання (у жінок десять місць, оскільки китайська спортсменка Фан Яньцяо кваліфікувалася за підсумками світової першості). Максимальна квота від кожної країни — два спортсмени.
Спортсмени Китаю, як країни-господарки, автоматично отримували місця тільки у плаванні на відкритій воді. В інших видах програми вони відбиралися подібно до плавців з інших країн.
В естафетах та плаванні на відкритій воді кваліфікувалися такі країни:
Індивідуальні змагання у басейні починалися з відбіркових запливів, у яких кожен спортсмен повинен був показати максимальний результат для виходу у наступну стадію. Шістнадцять найкращих проходили у півфінали, або вісім найшвидших — у фінал, якщо півфінали не організовувалися. З півфіналів у фінал виходило вісім плавців, які показали найкращий час, і вони в останньому запливі розігрували комплект медалей. В естафетах влаштовувалися два відбіркових запливи по вісім команд, і найкращі команди за часом виходили у фінал. Плавці на відкритій воді змагалися тільки в одному фінальному запливі.
Всі фінали і півфінали проходили вранці з 10:00 до 12:00 за місцевим часом (тобто UTC +8), а відбіркові запливи ввечері з 18:30. Марафонські запливи проводилися о 9:00.