У 1954 році закінчив із золотою медаллю середню школу у м. МонастирищеЧеркаська область. Ще в школі спробував писати політичні статті «Радянська влада і демократія», «Рівноправність жінок».
У 1956 році 19-річний студент Анатолій Лупиніс вийшов на демонстрацію проти введення радянських військ у Будапешт. В руках тримав плакат: "«Руки геть від вільної Угорщини!». У жовтні 1956 року був заарештований за участь у студентських виступах й засуджений Київським судом до шести років ув'язнення у таборах.
У 1957 році, як член страйкового комітету, за участь у страйку в 7 Мордовському таборі, засуджений до 10 років в'язниці за «антирадянську агітацію та пропаганду, організацію контрреволюційного саботажу». Покарання відбував у Володимирській закритій тюрмі та у спецтаборі особливого суворого режиму № 10. У Володимирській в'язниці захворів на поліневрит, що привело до парапарезу ніг. З тюрми був переведений у 10-й Мордовський табір (особливий режим), але більшість часу знаходився у лікарні 3-го Мордовського табору. Пізніше були діагностовані виразкова хвороба шлунка, дистрофія міокарда, сечокам'яна хвороба, хвороба печінки.
У 1967 році Анатолій Лупиніс вийшов з тюрми. ВТЕК призначив йому пожиттєво першу групу інвалідності. Через два роки лікування зміг рухатися за допомогою милиць. Подав документи на філософський факультет Київського державного університету імені Тараса Шевченка. Декан факультету перенаправив документи абітурієнта на перевірку до заступника голови партійного контролю при ЦК КПУ, який відмовив у вступі і порадив піти на роботу на завод, а потім вступати до вишу.
У грудні 1969 року А. Лупиніс вступив на заочне відділення економічного факультету Української сільськогосподарської академії. У 1970 р. після лікування став ходити без милиць і почав працювати на посаді адміністратора Київське концертно-хорове товариство.
22 травня1971 року за виступ біля пам'ятника Тарасові Шевченкові в Києві, в день вшанування пам'яті Кобзаря, його було заарештовано за те, що прочитав свого вірша про долю України «Причинна» (Я бачив, як безчестили матір.)[1].
Експертна комісія Київської міської психіатричної лікарні № 1 імені І. П. Павлова визнала його нормальним, а в НДІ загальної та судової психіатрії імені В. П. Сербського група лікарів під керівництвом Лунца Д. Р. визнала божевільним. У грудні відбувся суд, але після появи Андрія Сахарова, Івана Світличного та Леоніда Плюща засідання скасували, а через три дні А. Лупиноса відправили на примусове лікування до Дніпропетровської спеціалізованої психіатричної лікарні. З 1976 року — направлений на лікування у Алма-Атинській психіатричній лікарні, з травня 1979 року перебував у Черкаській обласній психіатричній лікарні у м. СмілаЧеркаська область. У 1978 році переведений у Київську міську психіатричну лікарню № 1 імені І. П. Павлова загального типу. У червні 1980 року направлений у Дніпропетровська спеціалізована психіатрична лікарня, але через неправильне оформлення документів був повернений у м. Сміла.
У 1983 році вийшов на волю з абсолютно підірваним здоров'ям (був ув'язнений 12 років). Реабілітований 12 серпня1992 року[2].
Після звільнення знов почав підпільну антирадянську діяльність. Незалежність України зустрів у в'язниці, куди його кинули влітку 1991 року за організацію мітингів протесту проти підписання нового союзного договору.
Сини Анатолія Лупиноса — також члени УНА-УНСО Микола та Іван — продовжили справу легендарного батька. Від початку російсько-української війни вони стали на захист незалежної України в складі піхотних підрозділів ЗСУ[3].
4 вересня 2024 стало відомо, що 02024-08-2424 серпня2024 при обороні Часового Яру від важких поранень загинув сержант Микола Лупиніс — військовослужбовець ЗСУ, активіст УНА-УНСО, син Анатолія Лупиноса [4][5].
Політична діяльність
У 1983—1991 роках Анатолій Лупиніс був одним з лідерів дисидентського руху в Україні.
У 1990 році організував реєстрацію людей, що вважають себе громадянами окупованої Української народної республіки. За кілька місяців зареєструвалися більше мільйона осіб і це стало фактично першим референдумом за незалежність України.