Крістофер Шеннон Пенн народився 10 жовтня1965 року в Лос-Анджелесі. Батько режисер Лео Пенн, мати акторка Ейлін Раян. Старші брати Шон Пенн і Майкл Пенн. Бабуся і дідусь були литовськими євреями, які емігрували в США, а по материнській лінії були італійці, іспанці та ірландці. У 12 років Кріс почав вивчати акторську майстерність в Loft Studio, в Лос-Анджелесі. Також володів чорним поясом з карате.