У 1874 закінчив військову гімназію у Полоцьку, у 1877 — Миколаївське інженерне училище, у 1882 — Інженерну академію, а у 1886 — Академію Генштабу. Він командував ротою у Бобруйську, а потім стрілецьким полком у місті Сувалки.
З 1903 генерала Кондратенка назначено командувачем 7-ї Східно-Сибірською бригади, яка була розширена до дивізії і відправлена до Порт-Артура.
З настанням російсько-японської війни генерал зміг майже з нуля створити потужний фортифікаційний комплекс у Порт-Артурі. Його гарнізон впродовж 5 місяців відбив чотири загальні наступи японської армії. Під його керівництвом розроблені та застосовані нові види озброєння — ручні гранати, міномети, нові типи протипіхотних мін та електризовані загородження.
Загинув 15 грудня1904 під час обстілу японською важкою артилерією форту № 2. Без талановитого генерала його гарнізон не протримався і півмісяця. Порт-Артур був зданий японцям 2 січня1905.
Поховано у Петербурзі у Олександро-Невській Лаврі. У 1907 році над могилою Романа Сидоровича Кондратенка була споруджена меморіальна каплиця, всередині якої знаходився величезний мармуровий кіот з іконами та безліч срібних вінків. Ажурну металеву каплицю було освячено 12 серпня 1907 року. У роки радянської влади вона, як і більшість каплиць Микільського цвинтаря Олександро-Невської лаври, була знищена.
Вшанування пам'яті
31 травня2008 року в Полоцьку (Білорусь) на площі Свободи встановили бюст генералові Кондратенку.
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 1 лютого 2012. Процитовано 13 листопада 2008.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
Авчинников А. Г. Народный герой Роман Исидорович Кондратенко: Иллюстр. очерк всей жизни ген.-лейт. Р. И. Кондратенко. — 2-е изд. — Екатеринослав, 1912.-67 с.: ил.
Горовой Л. Герой Порт-Артура // Сын Отечества. — 1993. — № 6.-С.9.
Дело о сдаче крепости Порт-Артур японским войскам в 1904 г.: Отчет / Сост. под рук. В. А. Апухтина. — СПб.: тип. В. Березовского, 1908.-472 с.
Добронравов Н. Е. Геройская смерть защитника Порт-Артура генерала Р. И. Кондратенко. — М.: изд. А. Д. Сазонов, 1905. — 32 с.
Кондратенко Р. И. Письма Р. И. Кондратенко // Братская помощь. — 1907.-№ 2-8;-1908.-№ 7, 8, 10, 11;-1909.-№ 4, 6-10;— 1910.-№ 11-12.
Куличкин С. П. Кондратенко: [Герой обороны Порт-Артура]. — М.: Мол. гвардия, 1989. — 262 с.: ил. — (Жизнь замечат. людей. Сер. биогр.; Вып. 702).
Миткевич. Роман Исидорович Кондратенко. Его жизнь и боевая деятельность. Систематич. описание осады и обороны Порт-Артура. — СПб., б.г. — 104 с.: ил.
Полководцы, военачальники и военные деятели России в «Военной энциклопедии» Сытина. Т. 2 / Авт.-сост. В. М. Лурье, В. В. Ященко. — СПб.: «Экополис и культура», 1996. — С. 290—294.
Сметанин А. И. Оборона Порт-Артура. — М.: Воениздат, 1991. — 143 с.
Тарапыгин Ф. А. Известные русские военные деятели. Краткое их жизнеописание.-СПб.:тип. И. В. Леонтьева, 1911.-С. 181—190.