Еміліо Естевес народився 12 травня1962 року в місті Нью-Йорк, США. Батько актор Мартін Шин, мати художниця Джанет Темплетон. Його брати — Рамон Естевес, Чарлі Шин і Рене Естевес. Еміліо жив у Верхньому Вестсайді Манхеттена, поки його родина не переїхала в Малібу у 1968 році. Разом з братом Чарлі і їхніми друзями з середньої школи, Шоном Пеннем, Крісом Пенном, Чедом Лоу і Робом Лоу знімали короткометражні фільми на портативну кінокамеру. Перед закінченням середньої школи Санта-Моніки у 1980 році, у Естевеса вже була маленька роль посильного в «Апокаліпсисі сьогодні» (1979), яка зрештою була видалена з фільму.