У 1918 році Вількицький був призначений керівником першої радянської гідрографічної експедиції, яка так і не відбулася через її захоплення інтервентами в Архангельську. У 1920 році Вількицький емігрував до Великої Британії. У 1923 і 1924 роках Вількицький очолював комерційні експедиції в Карському морі на запрошення радянських зовнішньоторговельних організацій.
Пізніше у своєму житті Вількицький працював гідрографом у Бельгійському Конго. Борис Вількицький помер у Брюсселі 1961 року.
Пам'ять
Багато географічних місць Росії мають ім'я Вількицького: