Село Велика Шапківка знаходиться на лівому березі річки Куп'янка, вище за течією на відстані 1 км розташоване село Смородьківка, нижче за течією на відстані 6 км розташоване місто Куп'янськ, на протилежному березі розташоване село Паламарівка. По селу протікає струмок з загатою. Через село проходить залізниця, станція Шапківка.