1943—1945 — під керівництвом Петра Барановського проводив обстеження та фіксацію пошкоджених у роки війни пам'яток давньоруського зодчества на території України.
Донька Юрія Сергійовича — Наталія Юріївна Асєєва (народилася 18 березня 1947 року в Києві) — мистецтвознавець, член Національної спілки художників України (1986), кандидат мистецтвознавства (1980).
Памятники архитектуры Украины: Чертежи и фотогр.: Альбом. — К., 1954;
Асеев Ю. С. Спаський собор у Чернігові. Пам'ятник архітектури XI ст. — К.: Держбуд-видав УРСР, 1959. — 14 с.
Древний Киев, Х—XVII вв. М., 1956; Архитектура Крыма. К., 1961 (в соавт. с Лебедевым Г. А.);
Новые данные о соборе Дмитриевского мон-ря в Киеве // Сов. Арх. 1961.
Асеев Ю. С, Лебедев Г. А. Архитектура Крыма. — К: Госстройиздат УССР, 1961. — 239 с.
Асеев Ю. С. Архітектура Київської Русі. — К.: Будівельник, 1969. — 191 с.
Асеев Ю. С. Мистецтво стародавнього Києва. — К., 1969.
Подорож в античний світ. К., 1970;
Киевская София и древнерус. зодчество // София Киевская: Мат-лы исследований. — К., 1973;
Асеев Ю. С. Пам'ятки архітектури.— В кн.: Ранньослов'янський та давньоруський періоди. Редкол.: В. И. Довженок (відп. ред.) та т. К.: Наукова думка, 1975. — С. 392—413. (Археологія Укр. РСР; Т. 3)
Асеев Ю. С. Розповіді про архітектурні скарби. — К.: Радянська школа, 1976. — 184 с.
Древнерусское искусство эпохи «Слова о полку Игореве» и груз. архитектура эпохи Руставели. — Тбилиси, 1977;
Асеев Ю. С. Джерела: Мистецтво Київської Русі. — К.: Мистецтво, 1980. — 214 с.
Архітектура давнього Києва. — К., 1982;
Мистецтво Киïвськоï Русі. — К., 1989;
Асеев Ю. С. Стилі в архітектурі України — К.: Будівельник, 1989. — 103 с.: іл.
Асеев Ю. С., Дяченко Б. М. Украинский зодчий Дмитро Дяченко // СА. — 1990. — № 5. — С. 22—24.
Балабко О. В. «Київ, Іринінська, Лифарям…». Повість за листами митця — Чернівці: Букрек, 2011. — 236 с.: іл.
Юнаков О. Преподавательская деятельность в годы «борьбы с космополитизмом» // Архитектор Иосиф Каракис. — Нью Йорк : Алмаз, 2016. — С. 272. — ISBN 978-1-68082-000-3.