Закінчив Києво-Подільське духовне училище, Київську духовну семінарію (1895), завершив освіту в Київській духовній академії зі ступенем кандидата богослов'я (1899). Мав також вищу музичну освіту. Працював учителем словесності у Києво-Подільському духовному училищі, водночас викладав історію у жіночій гімназії К. Євсєєвої.
1896–97 — член нелегальної комісії зі складання «Історичного словника українських діячів» під керівництвом В. Антоновича і М. Грушевського.
Був одним з організаторів видавництва «Вік», членом редакції та постійним співробітником журналу «Киевская старина». Літературознавчі, наукові, історичні, публіцистичні статті, театральні рецензії і педагогічні розвідки друкував у «Трудах Киевской духовной академии», часописах «Киевская старина», «Україна» (1906—1907 рр. — рецензії на книги М. Грушевського, О. Коваленка, М. Комарова), «Мир и искусство», «Громадська думка», «ЛНВ», «Світло», «Вільна українська школа» та ін.
Член Української радикальної партії, 1902–03 разом із Б. Грінченком, С. Єфремовим, В. Доманицьким брав участь у редагуванні й виданні партійної літератури. 1905–06 перебував під негласним наглядом поліції, зокрема 1905 за участь в Українському з'їзді вчителів заарештований і на деякий час ув'язнений у Лук'янівській в'язниці Києва.
Зліва направо: Сергій Петрович Павлушков, Сергій Єфремов, Льодик Ніковський на колінах у Онисії Федорівни Дурдуківської, Володимир Федорович Дурдуківський, Галина Єфремова, Галина Ніковська; стоять: Настя Павлушкова (дружина Сергія Павлушкова), Зіна Дурдуківська-Долгова
9 березня 1918 виступив із промовою на похоронах героїв Крут.
В 1921 р. — член Всеукраїнського православного собору УАПЦ.
У 1917 р. у Києві створена Перша українська гімназія, де з першого дня В. Ф. Дурдуківський працював учителем української мови і літератури, а невдовзі став її беззмінним директором.
Володимир Дурдуківський поєднував педагогічну роботу з науково-популяризаторською. Ще з 1919 р. він активно працював у Всеукраїнській академії наук (ВУАН): виконував обов'язки голови термінологічної комісії, члена-редактора «Комісії словника живої мови». Пізніше, 14 травня 1925 р., при ВУАН було засновано Науково-педагогічне товариство, утворене з науково-педагогічної комісії, очолюваної В. Ф. Дурдуківським.
Володимир Дурдуківський був заарештований у липні 1929 у справі т. зв. СВУ Показовий судовий процес проходив у Харківському оперному театрі з 9 березня по 19 квітня. Згідно з рішенням суду, Володимира Дурдуківського було засуджено до восьми років ув'язнення, але невдовзі за станом здоров'я він був помилуваний і в 1930 р. випущений на волю.
28 грудня 1937 р. В. Ф. Дурдуківського знову заарештували за «антирадянську діяльність», тобто висунуто було ті самі звинувачення, за які його вже засуджували в 1929 р. За вироком «трійки» він був розстріляний 16 січня1938 р.
До недавнього часу на ім'я В. Ф. Дурдуківського було накладено табу, після 1937 р. про нього взагалі не згадували в педагогічних текстах, незважаючи на те, що в 1965 р. постанова «трійки» стосовно В. Ф. Дурдуківського була скасована, а в серпні 1989 р. «справу СВУ» закрито «через відсутність складу злочину в діях засуджених у цій справі осіб з їх повною реабілітацією».
