Футбольний клуб «Арал» був заснований в 1976 році в місті Нукус.[1] У той час команда мала «Амудар'я». З 1976 до 1984 року брав участь у другій лізі чемпіонату СРСР. У 1985-1991 роках брав участь в першій лізі СРСР. Під час участі в чемпіонаті СРСР футбольний клуб «Арал» не досяг жодних успіхів.
Після розпаду СРСР назва команди змінилася на «Арал». У 1992 році «Арал» почав брати участь в першому незалежному чемпіонаті Узбекистану і в дебютному сезоні посів чотирнадцяте місце з сімнадцяти команд. У сезоні 1993 роки клуб зайняв 11-те місце з 16 команд. У 1994 році «Арал» посівши передостаннє 15-те місце і вилетів в першу лігу. З 1995 до 1999 рік «Арал» брав участь в першій лізі. Лише з 2000 року знову почав брати участь у Вищій лізі, але вже в сезоні 2001 роки знову вилетів до першої ліги. До теперішнього часу «Арал» виступає в першій лізі і є одним з її «середняків».
