Сучасне Айос-Ніколаос засноване на місці, де існувало прадавнє місто Камара (грец.Καμάρα). Перші поселення тут з'явились наприкінці бронзової доби — у століття, коли потужне давнє критське місто Лато разом із сусідніми дрібнішими поселеннями було захоплене дорійцями. У Камарі ж завойовників найбільше приваблювала зручна бухта.
Свою назву місто отримало на честь Святителя Миколая, адже в Греції він вважається першим покровителем та заступником моряків.
Нині ж Айос-Ніколаос досить відомий туристичний центр країни, розташований на схід від Іракліону — столиці Криту. Туристів тут приваблюють озеро Вулісмені у самому центрі міста, яке з'єднується з морем через канал, а також маленький острівець Айо Пантес, археологічний музей і численні ярмарки.
