İnsan Proteom Projesi

İnsan Proteom Projesi[1] (HES), İnsan Proteom Örgütü tarafından organize edilen bir işbirliği çalışmasıdır.[2] Projenin amacı, insan genomu tarafından üretilen tüm proteinleri deneysel olarak gözlemlemektir.

Tarihi

İnsan Proteom Organizasyonu kan plazması, karaciğer, beyin ve idrar gibi özel insan dokuları üzerine sürdürülen birçok uzun soluklu klinik araştırma projesini koordine eden bir yapıdır.[3] Aynı zamanda özel teknolojiler ve standartlar gerektiren büyük ölçekli protein çalışmalarından da sorumludur.

İnsan Genom Projesine paralel olacak daha büyük bir projenin yapısı ve hedefleri bilimsel literatürde tartışıldı.[4][5][6][7][8] 2009, 2010 ve 2011 yıllarında İnsan Proteom Örgütü Dünya Kongrelerinde yapılan bir dizi toplantıda, İnsan Proteom Projesinin C-HPP ve B /D-HPP olmak üzere iki alt projeden oluşmasına karar verildi. C-HPP 25 gruba ayrılacaktı ve her bir grup bir kromozomu araştıracaktı. B/D-HPP is biyolojik ve hastalıklarla bağlantılı proteinleri araştıran gruplar oluşturacaktı.

Projeler ve gruplar

Mevcut çalışma grupları çalıştıkları kromozom sırasına göre listelenmiştir.

Kromozom Grup lideri Ulusal üyelik
1 Ping Xu Çin
2 Lydie Lane İsviçre
3 Takashi Kawamura Japonya
4 Yu Ju Chen Tayvan
5 Peter Horvatovich Hollanda
6 Christoph Borchers Kanada
7 Edward Nice Avustralya, Yeni Zelanda
8 Pengyuan Yang Çin
9 Je-Yoel Cho Seul, Kore
10 Joshua Labaer Amerika Birleşik Devletleri
11 Jong Shin Yoo Kore
12 Ravi Sirdeshmukh Hindistan, Singapur, Tayvan, Tayland
13 Young Ki Paik Kore
14 Charles Pineau Fransa
15 Gilberto B Domont Brezilya
16 Fernando Corrales İspanya
17 Gilbert S. Omenn Amerika Birleşik Devletleri
18 Alex Archakov Rusya
19 György Marko-Varga İsveç
20 Siqiu Liu Çin
21 Albert Sickmann Almanya
22 Akhilesh Pandey Amerika Birleşik Devletleri
X Yasushi Ishihama Japonya
Y Ghasem Hosseini Salekdeh İran
MT Andrea Urbani İtalya

Bilgi-İşlem Kaynakları

MS/MS tabanlı proteomik sonuçlarının veri indirgenmesi, analizi ve onaylanması Seattle Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nden Eric Deutch tarafından sağlanıyor. Antikor metodlarıyla ilgili veri işleme Kalle von Feilitzen, Stockholm, İsveç (Human Protein Atlas) tarafından koordine edilmektedir. Genel entegrasyon ve raporlama enformatiği SIB, Cenevre, İsviçre'de (NeXtProt) Lydie Lane'in sorumluluğundadır. HPP katkılarının bir parçası olarak üretilen tüm veriler ProteomeXchange depolarından birine depolanır.

Şu anki durum

Kromozom temelli İnsan Proteom Projesinin devam eden projeleri, Proteom Araştırmaları Dergisi'nin (3 Ocak 2014, Cilt 13, Sayı 1) özel bir konusuna konu olmuştur. Projenin genel durumu, bu sayıda bir Editörde tartışılmıştır.[9]

Projenin biyoinformatik grubu tarafından toplantılar, etkinlikler, SOP'ler ve bireysel kromozom ekipleri için diğer özel kaynaklar da dahil olmak üzere mevcut proje bilgilerini derlemek için ayrı bir CHPP-wiki kurulmuştur.

Protein gözlemleriyle ilişkili güvenilirlik ölçütleri bu projenin önemli bir bileşenidir. Kullanılan çeşitli deneysel protokoller için anlamlı olan metriklerin nasıl tanımlanacağı sürekli tartışma konusudur: fikir birliği sağlanmış metrikler yayınlanmıştır.[10]

Projenin son durumunu açıklayan ve "MissingProteinPedia" nın piyasaya sürüldüğünü bildiren dergi makalelerini burada bulabilirsiniz.[11][12]

Ayrıca bakınız

  • BioPlex
  • Human Protein Atlas - Protein veritabanları
  • NeXtProt
  • PeptideAtlas

Kaynakça

  1. ^ Legrain, P. et al. The human proteome project: Current state and future direction. Mol Cell Proteomics. 10:M111.009993 (2011).
  2. ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress. Mol Cell Proteomics. 9:651-752 (2002).
  3. ^ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics. Proteomics. 8, 2156-9 (2008).
  4. ^ Archakov A, et al. The Moscow HUPO Human Proteome Project workshop. Mol Cell Proteomics. 8:2199-200 (2009).
  5. ^ Baker MS. Building the 'practical' human proteome project - the next big thing in basic and clinical proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2009 11:600-2 (2009).
  6. ^ Editorial, The call of the human proteome. Nat Methods. 7:661 (2010).
  7. ^ Rabilloud T., et al. Is a gene-centric human proteome project the best way for proteomics to serve biology? Proteomics. 10:3067-72 (2010).
  8. ^ Editorial. A Gene-centric Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 9:427-429 (2010).
  9. ^ Paik Y-K., et al. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
  10. ^ Omenn GS., et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14:3452-60 (2015).
  11. ^ Horvatovich P., et al. A Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. Jun 15 (2015).
  12. ^ Baker (2017). "Accelerating the search for the missing proteins in the human proteome". Nature Communications. 8. 

Dış bağlantılar

  1. HPP proje sayfası (www.hupo.org)11 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  2. HPP web sitesi (www.thehpp.org)20 Temmuz 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  3. Kromozom Merkezli HPP web sitesi (www.c-hpp.org)26 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  4. BD HPP web sitesi (www.hupo.org/B/D-HPP)13 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  5. Meraklısına Doku-bazlı insan proteom haritası11 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.