Futbola Kolombiya'da başlayan futbolcu, Millonarios takımında profesyonel futbola başladı. 2001-2008 yılları arasında Millonarios takımının alt yapısında oynadı. 2009 yılındaKolombiya U-20 takımına çağrıldı. Toulon Turnuvası'nda en iyi stoper unvanına layık görüldü. 2012-2013 sezonunda ise A takıma yükseldi. 2013 yılının Nisan ayında Franco, Millonarios ile 100.maçına çıktı. Franco, Millonarios takımında oynadığı 103 maçta 5 gol attı.
Beşiktaş JK
Beşiktaş formasıyla Galatasaray derbisinde
2 Temmuz 2013 tarihinde Beşiktaş, futbolcu Pedro Franco ile görüşmelere başlandığını KAP'a bildirdi. Beşiktaş’tan Kamuyu Aydınlatma Platformu’na gönderilen açıklamada:
“
Profesyonel futbolcu Pedro Franco'nun transferi için kendisi ve kulübü Millonarios ile anlaşmaya varılmıştır. Buna gore, Millonarios kulübüne oyuncunun transferine ilişkin 2,400,000 Avro fesih tazminatı ödenecektir. Oyuncu ile 5 senelik sozlesme imzalanmıştır
„
denildi.[1][2][3] Sezonun ilk yarısında fazla şans bulamayan Franco, ilk lig maçına 18. haftada Trabzonspor maçının 63. dakikasında çıktı.İlk lig golünü ise erteleme maçında Kasımpaşa karşısında attı. ikinci yarıda ise Sivok ve Escude'nin sakatlıklarının ardından Dany Nounkeu ile formayı kaptı ve 22 Şubat 2014 tarihinde ise Galatasaray karşısında ilk derbi maçına çıktı.
CA San Lorenzo de Almagro
2014-15 sezonun devre arasında Arjantin'in Primera División takımlarından San Lorenzo Geçici Transferi İçin Görüşmelere Başladı. 15 Ocak 2016 tarihinde yapılan görüşmelerde Pedro Franco, San Lorenzo kulübüne sezon sonuna kadar kiralandı.KAP'a yapılan açıklamada;
“
Profesyonel futbol takımı oyuncumuz Pedro Franco, 2015-2016 sezonu sonuna kadar Arjantin'in San Lorenzo Kulübü'ne (2.000.000 Avro satınalma opsiyonuyla) kiralanmıştır.'
30 Haziran 2016 tarihinde Millonarios Kulübü'nün resmi internet sitesinden yapılan açıklamada, 25 yaşındaki savunma oyuncusunun kiralık olarak transferi duyurulurken, takımla birlikte idmanlara başladığı belirtildi.[7][8]
