Budizm'in 6. yüzyılda Üç Kore Krallığı aracılığıyla kıtaya ulaşmasından sonra, başlangıçta orijinal binaları olabildiğince aslına sadık kalarak yeniden üretmek için çaba gösterildi, ancak yavaş yavaş hem Japon zevklerini karşılamak hem de Çin'dekinden daha yağışlı ve nemli olan yerel hava koşullarının yarattığı sorunları çözmek için kıtasal tarzların yerel stilleri geliştirildi.[2] İlk Budist mezhebi Nara'nın altı Nanto Rokushū'suydu (南都六宗,Nara'nın altı mezhebi), ardından Heian Dönemi'nde Kyoto'nun Şingon ve Tendai'si ortaya çıktı. Daha sonra Kamakura Dönemi'nde Kamakura'da Jōdo ve yerli Japon mezhebi Nichiren-shū doğdu. Aşağı yukarı aynı zamanlarda, Zen Budizmi Çin'den geldi ve mimari de dahil olmak üzere diğer tüm mezhepleri birçok yönden güçlü bir şekilde etkiledi. Budizmin takipçilerinin sosyal bileşimi de zamanla kökten değişti. Seçkin bir din olarak başlayan din, yavaş yavaş soylulardan savaşçılara ve tüccarlara ve en sonunda da nüfusun geneline yayıldı. Teknik açıdan, çerçeveli çukur testeresi ve planya gibi yeni ahşap işleme aletleri yeni mimari çözümlere olanak sağladı.[2]
Budist tapınakları ve Şinto tapınakları temel özelliklerini paylaşmaktadır ve genellikle yalnızca uzman olmayan birinin fark edemeyeceği ayrıntılarda farklılık göstermektedir. Bu benzerliğin nedeni, Budist tapınakları ile Şinto tapınakları arasındaki keskin ayrımın yakın zamanda ortaya çıkması ve Meiji Dönemi'nin 1868'de Budizm ile Şinto'yu (Şinbutsu-bunri) ayırma politikasına kadar uzanmasıdır. Meiji Restorasyonu'ndan önce bir Budist tapınağının bir tapınağın içine veya yanına inşa edilmesi veya bir tapınağın Budist alt tapınaklarını içermesi yaygındı. Bir tapınakta bir Budist tapınağı bulunuyorsa buna jingū-ji (神宮寺, mabet tapınağı) adı verilirdi. Benzer şekilde, Japonya'nın her yerindeki tapınaklar vesayetçi kamichinju (鎮守/鎮主) benimsemiş ve kendi bölgelerinde onları barındırmak için türbeler inşa etmişti. Yeni hükûmet tarafından tapınakların ve türbelerin zorla ayrılması emrini verdikten sonra, iki din arasındaki bağlantı yeniden kuruldu. resmi olarak kesilmiş, ancak yine de pratikte devam etmiş ve bugün hala görülebilmektedir.
Japon Budist mimarisi, ülkenin tüm tarihi boyunca mevcut en iyi doğal ve insan kaynaklarının çoğunu tüketmiştir. Özellikle 8. ve 16. yüzyıllar arasında yeni yapısal ve süslemesel özelliklerin gelişmesine öncülük etmiştir. Bu nedenlerden dolayı tarihi, yalnızca Budist mimarisinin değil, aynı zamanda genel olarak Japon sanatının anlaşılması açısından da hayati öneme sahiptir.[3]