1565 kuşatmasının ardından, Tarikat Malta'ya kalıcı olarak yerleşmeye karar verdi ve yeni bir başkent olarak Valletta'yı inşa etmeye başladı. Sonraki iki yüzyıl boyunca Malta, sanatın, mimarinin gelişmesi ve Malta toplumunda genel bir gelişme ile karakterize edilen bir Altın Çağ yaşadı.[3] 17. yüzyılın ortalarında, Şövalyeler, Karayipler'deki bazı adaların de jure sahibiydi ve onu Amerika'yı sömürgeleştiren en küçük devlet haline getirdi.
Tarikat, 1770'lerde gerilemeye başladı ve 1792'deki Fransız Devrimi tarafından ciddi şekilde zayıflatıldı. 1798'de Napolyon komutasındaki Fransız kuvvetleri Malta'yı işgal etti ve Tarikatı kovdu. Maltalılar sonunda Fransızlara isyan etti ve adalar 1800'de İngilizlerin himayesine girdi. Malta, 1802'de Amiens Antlaşması ile Tarikata iade edilecekti, ancak İngilizler yönetimi bırakmadı ve adalar 1814'te Paris Antlaşması ile resmen bir İngiliz kolonisi oldu.