Honduras'taki Yahudilerin tarihiengizisyon döneminde başlamıştır. Cemaatin çoğu San Pedro Sula ve Tegucigalpa şehirlerinde yaşamakta olup bazı aileler liman kenti olan La Ceiba'da yaşamaktadır.
İspanya Sömürgeciliği Dönemi'nde, Honduras'ta Katolik Kilisesi güçlü olduğundan buraya az sayıda Yahudi geldi. 1920'lerde, hükûmetin daveti üzerine bazı Alman Yahudileri de bu ülkeye taşındı. Yerel Yahudilerin etkisiyle, II. Dünya Savaşı'ndan kaçan Aşkenazlar da 1940'larda Honduras'a yerleşti.
Günümüz
3 Ağustos 1997'de, gelecek nesillere de hizmet sunması için Magen David Sinagogu San Pedro Sula'da ibadete açıldı.