18 Ocak 1998 tarihli Resmî Gazete'de yayınlanan 14 Ocak 1998 tarih ve 4324 sayılı kanunla kurulan ve bünyesinde Rektörlüğe bağlı olarak, Fen-Edebiyat Fakültesi, Tıp Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, İşletme Fakültesi, Hemşirelik Yüksekokulu, Su Ürünleri Yüksekokulu, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Sağlık Bilimleri Enstitüsü ve Konservatuvar yer almış olan Haliç Üniversitesi 23 Kasım 1998 tarihinde eğitim ve öğretime başlamıştır.
Üniversitenin hızlı büyüme ve gelişimi süreci içerisinde, Rektörlüğe bağlı olarak, 2002 / 4306 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2003 / 6330 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Güzel Sanatlar Fakültesi, 2006 / 10372 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Mimarlık Fakültesi ve 09.07.2007 tarih 2007 / 12481 Sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile de Sağlık Bilimleri Yüksekokulu kurulmuştur. 09.07.2007 tarihli Bakanlar Kurulu kararıyla onaylanarak, 04.08.2007 tarih ve 26300 sayılı Resmi Gazete'de yayınlanmış bulunan T.C. Haliç Üniversitesi Sağlık Bilimleri Yüksekokulu'nun kuruluşu Yükseköğretim Kurulunca uygun görülmüş olup, 2007 yılı ÖSS Ek kontenjanıyla öğrenci alınmış, 2007-2008 eğitim-öğretim yılında eğitim-öğretime başlamıştır. Son olarak Yükseköğretim Genel Kurulunun 22.05.2008 tarihli kararıyla Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu eğitime açılarak 2008-2009 eğitim-öğretim döneminden itibaren eğitime başlamıştır. Öğrencilerine sağladığı bir ".edu.tr" e-posta servisi bulunmaktadır.
Mayıs 2016'da YÖK tarafından kötü yönetim nedeniyle çeşitli risk faktörleri taşıdığı gerekçesiyle geçici olarak faaliyetlerine son verilen üniversitenin öğretim elemanları garantör üniversite olan İstanbul Üniversitesi'ne devredilmiş, öğrenciler ise öğrenimlerine sorunsuz olarak devam etmişlerdir. Vakıf Yükseköğretim Kurumları Yönetmeliği uyarınca Haliç Üniversitesi'nin geçici Mütevelli Heyeti Başkanı garantör üniversite rektörü olarak Prof. Dr. Mahmut Ak olmuştur.[2] Ekim 2023'te Mehmet Naci Topsakal Mütevelli Heyeti Başkanı olmuştur.[3]
“Yükseköğretim Genel Kurulu 02.05.2019 tarihli ve 6 sayılı oturumunda; Vakıf Yükseköğretim Kurumları Yönetmeliğinin 26. Maddesi çerçevesinde Haliç Üniversitesi yönetiminin kurucu vakfı olan Bizim Lösemili Çocuklar Vakfına iade edilmesinin uygun olduğuna…” karar verilmiştir. Alınan bu kararla Haliç Üniversitesi'nin yönetimi kurucu vakfa iade edilmiştir.[4] Yükseköğretim Kurumunun almış olduğu bu karara istinaden kurucu vakıf tarafından üniversite mütevelli heyeti ve mütevelli heyet başkanı seçilmiş ve göreve başlamıştır. Üniversitenin vekil rektörü ve senato başkanı Prof. Dr. Melek Güneş Yavuzer olmuştur.[5] 22 Ocak 2020 itibari ile rektörlük görevine Prof. Dr. Melih Bulu getirilmiştir.[5]
Prof. Dr. Melih Bulu'nun 2 Ocak 2021 tarihinde Boğaziçi Üniversitesi'ne atanmasından sonra 18 Ocak 2021 tarihi itibarıyla rektörlük görevine Prof. Dr. Zafer Utlu getirilmiştir.[6] Utlu'un görevi süresi Kasım 2023'te sona ermiştir.
Üniversite günümüz itibarıyla, 8 Fakülte, 1 Konservatuvar, 1 Meslek Yüksekokulu, 2 Yüksekokul ve 1 Enstitüde ön lisans, lisans, yüksek lisans ve doktora/sanatta yeterlik programlarında olmak üzere yaklaşık 17.000+ öğrencisi ile eğitim-öğretim faaliyetine devam etmektedir.