Neptunas, 1966 yılında Zalgiris dostluk şampiyonasını kazandı ve bir sonraki yılda da aynı kadroyla bu kupada final oynama başarısı gösterdi.
1970'ten bu yana kulüp sürekli bir değişm içerisindeydi. Oyuncuları, antrenörleri, yöneticileri yıllar boyunca değişti, yerine yenileri geldi ve bu durumun sonucu olarak kulüp çok büyük başarılar elde edemedi. 1975'te Klaipėda topluluğu kulübün yapısını değiştirme kararı aldılar. Genç bir oyuncu perspektifi mevcuttu ve yaklaşık iki yıl sonra kurulan kadro başarılar elde etti. Bu başarılar arasında Litvanya Spartakiada'sında 3.lük, 1981 ve 1982 yıllarında "Sport" gazetesi şampiyonasında finalist oldular ve 1983'te SSCB şampiyonu oldular.
1988'de Litvanya üst liginden alt lige düştüler. Fakat iki yıl sonra Litvanya Basketbol Ligi kuruldu ve Litvanya'daki en iyi sekiz takımdan biri olarak lige davet edildi. Takım ilk yıllardan başarılı sonuçlar elde edememesine karşın, yıllar geçtikçe daha iyi bir duruma geldi.
2012-13 sezonu Neptunas açısından daima hatılanılacak bir sezon oldu. Takım, bir önceki sezon ligi 6. olarak bitirmesine rağmen, tarihinde ilk kez VTB Birleşik Ligi'ne davet edildi.[1] Kulp direktörü Osvaldas Kurauskas ligdeki diğer takımlardan aşağı kalmayacaklarını ve takımın bütçesini artıracaklarını açkladı.[2] Neptunas, VTB Ligi'ni 7 Ekim 2012'de oynadıkları PBK CSKA maçıyla açtı, ancak güçlü rakibine 72-83 yenilmekten kurtulamadı.[3] VTB Ligi'nde bulundukları grupta son sırayı alarak elenmelerine rağmen, takım bir sonraki sezon için de lige davet edildi.
