2005 flyttade han vidare till skotska Premiership-laget Celtic FC. Skadeproblem tvingade honom dock att sluta med fotbollen efter bara ett halvår med klubben och han blev istället tränare för engelska Championship-laget Sunderland AFC. I Sunderland imponerade han stort då han tog dem upp till Premier League, när Keane kom låg Sunderland på 23:e plats, när säsongen summerades låg de på 1:a plats i Championship.
Keane avgick som tränare för Sunderland i december 2008, då de låg på nedflyttningsplats i Premier League, och ersattes av skotten Ricky Sbragia.
Roy Keane tog över ansvaret för Championship-laget Ipswich 2009. Efter en mycket svag säsongsinledning arbetade sig Ipswich uppåt i tabellen under 2011 men slutade bara på en 15:e plats och Keane fick sparken.