Loksa ligger vid bukten Hara laht och norr om staden breder halvön Pärispea poolsaar ut sig. Ån Valgejõgi mynnar i havet vid Loksa. Runt Loksa är det mycket glesbefolkat, med 7 invånare per kvadratkilometer.[3] Loksa är det största samhället i trakten. I omgivningarna runt Loksa växer i huvudsak blandskog.[4]
Inlandsklimat råder i trakten. Årsmedeltemperaturen i trakten är 3 °C. Den varmaste månaden är juli, då medeltemperaturen är 18 °C, och den kallaste är januari, med −11 °C.[5]