Francesco gifte sig 1842 med prinsessan Adelgunde av Bayern, dotter till kung Ludvig I; deras enda barn, en dotter, dog i späd ålder. Ätten Habsburg-Este dog sålunda ut på manslinjen med Francesco V - men Francesco testamenterade titeln "ärkehertig av Österrike-Este" till sin släkting Franz Ferdinand, som antog den bland sina många titlar.
Frans V:s mor, Maria Beatrice, var jakobiternas pretendent på Storbritanniens tron, och vid hennes död, 1840, ärvde Francesco hennes anspråk; som jakobitisk tronpretendent kallades han Frans I (eng. Francis I) av England och Skottland. Hans brittiska tronanspråk ärvdes av hans brorsdotter Maria Theresia, drottning av Bayern.