Den 4 oktober 2006 meddelade Barthez den franska tidningen L'Équipe att han lägger av med fotbollen. Efter att ha spelat i VM-slutspelet i Tyskland 2006 fick han inget nytt kontrakt och lade då av med fotbollen. I december 2006 värvades han för comeback för att rädda franska ligans bottenlag FC Nantes Atlantique kvar i högsta divisionen.
Barthez var en nyckelspelare i VM 1998. Han släppte bara in ett mål fram till semifinalen där han släppte in sitt andra och sista mål för turneringen. Barthez höll nollan i finalen som Frankrike vann mot Brasilien med 3–0.