Alain Boghossian startade sin karriär i Marseille. Efter att enbart ha spelat för reservlaget så gick han till Istres en säsong innan han återvände till Marseille, där han blev ordinarie under säsongen 1993/94. Han såldes därefter till italienska Napoli. Efter ett år i Sampdoria så värvades han av Parma där han vann Coppa Italia två gånger och UEFA-cupen 1999. I Italienska supercupen 1999 mot Milan så avgjorde Boghossian matchen med sitt 2-1 mål i slutminuterna.[1]
2002 skrev Boghossian på för Espanyol, men gjorde bara fem matcher och valde efter säsongen att avsluta sin karriär.[2]
Alain Boghossian gjorde även 26 landskamper för Frankrikes landslag och var med när landet vann VM 1998 på hemmaplan.[3][4] Han var även med i VM 2002, dock utan att få någon speltid.[5]