Malouda flyttade från Châteauroux till Guingamp år 2000 och blev där lagkamrat med Didier Drogba. På 19 framträdanden för Guingamp gjorde Malouda 15 mål, vilket väckte ett intresse för honom hos toppklubben Olympique Lyonnais som värvade honom strax efter att ha vunnit franska ligan säsongen 2002/2003.
Malouda uttryckte sin önskan om att få lämna Lyon vid slutet på säsongen 2006/2007. Både Chelsea och Real Madrid visade intresse för honom.[3] Den 29 juni 2007 sade Malouda till nyhetsbladet Le Progres att han ville flytta till Chelsea och att Londonklubben hade lagt ett bud värt 17 miljoner euro för honom.[4][5] Den 5 juli 2007 bekräftades det att Chelsea hade inlett förhandlingar med Lyon angående en eventuell övergång.
Chelsea
Den 9 juli 2007 skrev Malouda på för Chelsea. Transfersumman uppgick till omkring 20 miljoner euro.[6] Han fick tröjnummer 15. I sin första match för Chelsea gjorde Malouda ett mål och spelade fram till ett annat. Han gjorde sin officiella debut för klubben i tävlingsammanhang mot Manchester United i FA Community Shield-matchen 2007. Malouda gjorde Chelseas enda mål, matchen slutade 1-1 och avgjordes slutligen på straffsparkar, där Chelsea förlorade. Malouda gjorde senare mål mot Schalke 04 i sin första Champions League-match med Chelsea.
Malouda spelade nästan i samtliga matcher i Frankrikes kval till VM 2006 i Tyskland, där de kom att förlora på straffar i finalen mot Italien. Till dato har Malouda gjort tre mål på 42 matcher för Frankrike.