Рођен је у Грацу као син Карла II Штајерског и Марије Баварске. Био је подвргнут строгом језуитском образовању, па похађа и универзитет у Инголштату. По завршетку школовања 1595, почиње да управља својим наследним земљама, којима је до тада управљао његов старији рођак надвојвода Максимилијан III Аустријски. Одлази на два ходочашћа, после чега почиње на својим територијама са сузбијањем свих других вера осим католичке.
Краљ Чешке (Бохемије)
Чешка скупштина га бира 1617. за краља Чешке (Бохемије). Цар Матија је био без наследника, па Фердинанд II тражи и осигурава подршку Шпанских Хабзбурга да он буде наследник. Заузврат Шпанским Хабзбурзима обећава Алзас и царске феуде у Италији.
Фердинандов тврди католицизам доводи до нарушавања верских слобода оних, који нису католици. Није поштовао ни верске слободе, које је потписао цар Рудолф II, по којима су гарантоване слободе вероисповести племству и становницима градова.
Осим тога био је и апсолутиста и нарушавао је секуларна права. Пошто је унутар краљевства и међу племством било јако много протестаната нови краљ је постао јако непопуларан и уследила је побуна против њега.
Чешки протестанти бацају кроз прозор 22. маја1618. двојицу краљевских службеника у Прагу. Тај догађај је познат под називом Прашка дефенестрација или друга прашка дефенестрација. Краљевски службеници нису били повређени, али та акција је представљала увреду краља. Том акцијом заправо почиње побуна, која води до Тридесетогодишњег рата. Племство бира протестантског кнеза Фридриха V Палатинског као новог краља.
Цар Светог римског царства и успех у рату против протестаната
Цар Матија је умро у Бечу марта 1619. Фердинанд II постаје наследник по ранијем договору. Против протестантске побуне Фердинанд добија подршку католичког савеза у коме су били владари Пољске, Шпаније и Баварске. Католичке снаге побеђују протестанте 8. новембра1620. у бици код Биле Хоре. Фридрих V Палатински је предводио протестанте, а после битке бежи у Холандију.
Вођа католичког савеза војвода Максимилијан I Баварски конфискује Фридрихове поседе, а Фердинанд II поново постаје краљ Чешке (Бохемије). Ојачава се католичка црква у Чешкој, смањују се права чешке скупштине, а протестанти у Чешкој и Аустрији се насилно преводе у католицизам. Многи протестанти су тада протерани из Чешке.
Фердинанд је добијао новчану подршку и од папе и од Шпанских Хабзбурга, али ипак је потрошио све новце, а тражио је начин да створи своју властиту војску. Одлучио је да постави Албрехта фон Валенштајна на чело војске са задатком да регрутује и предводи царску војску.
Албрехт фон Валенштајн је захтевао да он управља и поседује војни фонд, који ће бити само његов. Осим тога захтева да слободно располаже ратним пленом и новцем добијеним уценама. Ратни плен постаје тиме најважнији начин финансирања војске.
Најпре је регрутовао 30.000 војника (касније ће командовати и са 100.000). Царска армија уз помоћ војске католичког савеза побеђује протестанте у Шлеској, Анхалту и Данској.
Реституцијски едикт доводи до интервенције Швеђана
Након великих победа против католика, Фердинанд издаје 1629. Реституцијски едикт, по коме су се католичкој цркви морала вратити велика подручја црквене земље, која су јој одузели протестанти од 1552. Тај прокатолички потез потез разљутио је шведског краља Густава Адолфа, који улази у рат против Фердинанда.
Албрехт Валенштајн је остварио велике војне успехе, али Фердинандови саветници су у њему видели политичку опасност, јер је нарасла његова моћ, финансије, поседи и војска. Фердинанд отпушта Алберта Валенштајна 1630. Сад је остао без команданта, па се поново морао ослањати на католички савез. Католички савез под водством Јохана Церкласа Тилија није успевао да се одупре шведској војсци Густава Адолфа. Шведска војска је напредовала, Бохемија је била поново под протестантском војскома. Командант католичког савеза фон Тили био је убијен 1632, па је Фердинад био принуђен да поново тражи помоћ од Валенштајна.
Током пролећа 1632, Валенштајн је прикупио војску, која је истерала протестантску војску из Бохемије. У великој бици код Лицена новембра 1632. католици су побеђени, али Густав Адолф је убијен. Валенштајн је изгубио Саксонију, али протестантски губици су исто били јако велики.
Током 1633. није било одлучних напредовања, а Валенштајн је преговарао са непријатељем, сматрајући да ће војска бити лојална њему, а не цару Фердинанду. Почетком 1634. Албрехт фон Валенштајн је оптужен за издају и убијен је, вероватно по Фердинандовом наговору.
Француска улази у рат
Иако су остали без фон Валенштајна царске снаге заузимају Регензбург и побеђују у бици за Нердлинген. Снага шведске војске је ослабила, па Француска улази у рат на страни протестаната због страха од доминације Хабзбурга у Европи. Француска је била католичка земља, али бојала се Немачке и Шпаније, тако да је кардинал Ришеље уверио краља Луја XIII да се удружи са Холанђанима и Швеђанима.
Французи нису били задовољни условима прашког мира из 1635. Иако је потписан тај споразум још увек није дошао мир. Фердинанд II је умро 1637, а рат се наставио и после њега.
