Специјални суд састоји се из четири одвојене институције: Регистра, Тужиоца, Судија и Канцеларије одбране. Регистар је одговоран за свеукупно управљање судом. Регистратор Робин Винсент именован је од генералног секретара УН.
Судије су задужене за вођење поступка и пресуђивање. Тренутно у суду има 11 судија, од којих су 6 задужени за суђења (4 именована од УН, а двоје од стране владе Сијера Леонеа). Преосталих пет судија су апелационе судије, где тројицу именују УН а двојицу влада Сијера Леонеа. Мандат судија траје 3 године.
Иако су оптужени поједниачно оптуживани, суђења су груписана у три групе. Суђење Уједињеном револуционарном фронту за Калона, Гбаоа и Сесеја почело је 5. јула2004. године. Суђење Снагама цивилне одбране за Нормана, Фофану и Кондеву почело је 3. јуна2004. године. Суђење Оружаним снагама револуционарног већа почело је у марту2005. године.
Ако буду оглашени кривима, оптуженима прети затворска казна или казна одузимања имовине. Суд нема право да изриче смртну казну.