Соња Барјактаровић је започела своју каријеру у РК Беране. Од сезоне 2005/06. прелази у Будућност са којим је освојила сва национална првенства и купове. Такође осваја три пута регионалну лигу, два Купа победника купова, као и Лигу Шампиона. У сезони 2012-13 Соња прелази у руску лигу. Постаје члан клуба Ростов-Дон.
Од обнављања независности Црне Горе, 2006. године и формирања репрезентације постаје од првог дана стандардни голман. Учествовала је на Европском првенству 2010 и 2012 Светском првенству 2011. као и на Олимпијским играма 2012. у Лондону. Исте године у децембру је са репрезентацијом на европском првенству освојила златну медаљу.