Младен је фудбалску каријеру почео у Копру. 1992. године одакле прелази у Изолу, за коју игра две сезоне. Рудоња је 1994. успео да промени три клуба: из хрватског „Загреба” се вратио у „Копер” и прешао у „Олимпију” из Љубљане. Након што је одиграо једну сезону за Олимпију, фудбалер се вратио у Хрватску, где је потписао уговор са Марсонијом. Међутим, након играња једне сезоне поново је завршио у Словенији, где је играо за Горицу и Приморје. Рудоња је 1998. године прешао у белгијски Синт Труиденсе, за који је играо две сезоне и постигао 21 гол на 74 меча. Успешна игра за белгијски клуб привукла је пажњу клубова из Енглеске и након Еура 2000. Рудоња се преселио у Портсмут. За две сезоне у енглеском клубу, Младен је одиграо само 14 мечева и вратио се у Словенију, где је играо за Олимпију, одакле се 2004. године преселио на Кипар, где је без већег успеха играо за Аполон из Лимасола и Анортозис. Године 2005. вратио се у Словенију, где је потписао уговор са Копром, за који је већ играо 1994. године. Од 2007. до 2009. Рудоња је играо за Олимпију, након чега се повукао.
Репрезентација
Рудоња је дебитовао за |репрезентацију Словеније на пријатељској утакмици против Грузије у фебруару 1994. године.[3] Упркос томе што је био нападач, није постигао гол за тим све до своје 53. утакмице, у реванш утакмици плеј-офа квалификација за Светско првенство 2002. против Румуније у Букурешту.[4] Утакмица је завршена резултатом 1 : 1, резултатом који је био довољан да се Словенија по први пут квалификовала за главни део турнира Светског првенства.[5] Рудоња је за Словенију одиграо 65 утакмица.[3]
