Рођен у Љубљани, Милинович је своју фудбалску каријеру започео у локалном Словану. После половине сезоне 1991/92. прешао је у Олимпију из Љубљане, где је освојио три узастопна првенства Словеније и један Куп Словеније. После сезоне у Љубљани, прешао је у Марибор. Тамо је освојио два узастопна првенства Словеније и један Куп Словеније. Имао је неколико успешних наступа у иностранству, односно у Аустрији (ЛАСК Линц и Гразер АК) и Јапану (ЈЕФ Јунајтед Ичихара).[1]