Најстарији син Фридриха II побунио се против оца, па је Фридрих II одредио да му Конрад IV буде наследник. Конрад IV је 1237. изабран за краља Немачке. Тиме је било предвиђено да он буде будући цар Светог римског царства. Надбискуп Мајнца је био регент, који је владао Немачком у Конрадово име све до 1242. године. После 1242. функцију регента вршили су Хајнрих Расп и Вацлав I. Када је дошло до сукоба папе Иноћентија IV и Фридриха II папа је почео да подржава Хенрика Распа да буде краљ Немачке. Папа је послао велике количине новца у Немачку и обезбедио је довољно подршке, па су надбискупи Келна и Мајнца прогласили Хајнриха Распа за антикраља 1246. године. Расп је победио Конрада IV у бици код Ниде 1246, али је умро неколико месеци касније.[3][4]
Када је 1250. умро Фридрих II Немачка и Сицилија су припале Конраду IV, али се наставила битка са папама. Конрад је извршио инвазију на Италију 1251, али није успевао да покори савезнике папе. Папа је понудио Сицилију Едмунду Грбавом, сину енглеског краља Хенрика III.
Папа је екскомуницирао Конрада 1254. године. Конрад IV је умро 1254, и иза њега је остао син Конрадин, који је тада имао две године. Конрадин је смакнут 1268. након борбе са папама.
Папство се тиме коначно решило Хоенштауфоваца.
