Рођен је 17. фебруара 1792. године у Естонији у балтичконемачкојплемићкој породици.
Детињство је провео у Ласила Манору, Естонији. Његови преци углавном су били досељеници из Вестфалија.[1]
Образовање
Школовао се за витеза у Саборној школи у Ревалу (Талин) и „Империал Универзитету“ у Дорпату (Тарту), од којих је у свакој стекао квалитетно образовање.[2][3]
Током школовања, 1812. године, био је послат у Ригу како би помогао граду након опсаде Наполеонове војске. Током боравка у Риги, покушао је да помогне болеснима и рањенима, и тада схватио да је његово дотадашње образовање представљало лош избор. Након што је дипломирао, обавестио је свог оца да жели у иностранство како би се посветио образовању које је предтављало његов животни позив.
Године 1817. постао је професор на Универзитету „Конигцберг“ (нем.Albertus-Universität Königsberg).
Редовни професорзоологије постао је 1821. године а потом и анатомије 1826. године.
Кратко је предавао и у Санкт Петербургу, током 1829. године, али се убрзо вратио у Коницберг.
У Санкт Петербург поново је отишао 1834. године, када се придружио руској Академији наука.[4] У периоду од 1834—1846. године, био је посвећен зоологији а затим је радио на упоредним истраживањима анатомије и физиологије (1846-62).
Студирао је рани развој животиња. Открио је бластулу фазу развоја и нотохорд[6].
Заједно са Хајнц Кристијаном Пандером (Heinz Christian Pander)[7] и на основу рада Каспар Фриедриха Волфа (Caspar Friedrich Wolff)[8] , описао је своју теорију клица, слоја развоја, (Ектодерм, Мезодерм и ендодерм).
Као принцип различитих врста, створио је темељ компаративне ембриологије[9] у књизи „Преко еволуционе историје животиња“ (1828).
Завршио је истраживање еволуцију јајне ћелије на коме је радио Едгар Ален, амерички анатом и филозоф. Истраживање је завршио и објавио 1827. године, на Академији наука у Санкт Петербургу.[10]
Формулисао је оно што је постало познато као закони ембриологији:
Опште карактеристике групе којој припада ембрион развоја пред посебним карактеристикама
Општи структурни односи се на исти начин формирају пре највише специфичне појаве
Облик датом ембриону не конвертује се на другим одређеним облицима, али се одваја се од њих
Ембриони виших животиња никада не личе на одрасле животиње, као што су мање развијене, већ је то само њен ембрион
Еволуција
Из студија компаративне ембриологији, веровао је у трансмутацију врста али је касније одбацио теорију природне селекције коју је предложио Чарлс Дарвин. Творац је раног филогенетског стабла у коме је открио онтогене и филогенију ембриона кичмењака.
Веровао је теорију телеолошке снаге у природи која се односила на облик еволуцијеортогенезе.
Геолошка и геограска истраживања
Термин „Баерова теорија“ примјењује се на непотврђеном идеји да се на северној хемисфери, ерозија јавља углавном на десној обалиреке, док се јужној хемисфери јавља са леве стране.
У својој темељној теорији, која никада није формулисана, ерозија река зависи од смера тока (на северној хемисфери, река тече од југа ка северу, према теорији, разједа њену десну обалу, а док је у истој хемисфери, тече од севера ка југу нарушава леву страну, због Кориолисовог ефекта.
Истражвао је острво Нову Земљу 1837. године и прикупљао биолошке узораке.