Привремену богословију на Цетињу је септембра 1863. године основао архимандрит Нићифор Дучић, уз помоћ архимандрита Илариона Рогановић, потоњег митрополита. Ово је била прва средња школа у Књажевини Црној Гори и могли су је уписати само свршени ђаци цетињске основне школе. Само неколико месеци касније, богословија је престала са радом, будући да није било материјалних средстава за њено функционисање.
Цетињска богословија
Император сверускиАлександар II Николајевич Романов се сусрео са књазом Николом Петровићем Његошем у Санкт Петербургу1868. године. У њиховим разговорима је договорено и да руски императорски двор помогне рад нове богословије на годишњем нивоу са 8.000 рубаља, као и отварање Дјевојачког института поред богословије са 5.500 рубаља. Задатак Дјевојачког института је био да школује девојке, које би се касније удавале за богослове.
У прво време је богословија била трогодишња и примала је по десет ђака, који су живели у интернату. Од 1873. године, богословија је премештена у манастир Острог, а 1875. године је привремено прекинула рад услед избијања Херцеговачког устанка и предстојећег Црногорско-турског рата. Уследио је прекид рада у трајању од девет година.
Богословско-учитељска школа
У августу 1887. године, књаз Никола је одобрио нови школски програм трогодишње Богословско-учитељске школе, коју су уписивали свршени гимназијалци са одличним успехом. Ученици нису живели у интернату, а ректорат школе је спојен са управом гимназије на Цетињу. Није радила од 1905. до 1907. године, када је установљена као четворогодишња школа.
Фебруара 1891. године, ученици су покренули часопис „Цетињски богословац, лист за књижевност“, који је као мото имао Његошев стих: „Благородством Српство дише“ Ученици су мобилисани у Балканским ратовима, па је организовано ванредно полагање испита.
Новац из Руске империје је редовно стизао до 1915. године, односно јануара 1916. године, када је услед аустроугарске окупације Црне Горе престала да ради Цетињска богословија. У време окупације је страдала школска архива.[2]
Синод је пред Априлски рат 1941. године, распустио све богословије због непосредне ратне опасности. Заслугом митрополитаЈоаникија Липовца, богословија је радила крајем 1943. и почетком 1944. године, како би се обезбедило да ученици заврших разреда положе последње испите. Тако је Цетињска богословија била једина богословија Српске православне цркве која је радила за време рата.
До 1944. године, богословију је завршило око 400 ђака. Много њих је страдало у Другом светском рату, како од фашистичких окупатора, тако и послератне комунистичке власти. Из Биљарде је насилно протерана школа. Знајући шта може очекивати од комуниста, митрополит Јоаникије је са седамдесет свештеника покушао да избегне. Партизани су их заробили и стрељали свештенике у Зиданом мосту, а митрополита Јоаникија одвели у Аранђеловац и након мучења убили 18. јуна1945. године, те сахранили на до данас непознатој локацији.
Пошто Влада Црне Горе одбија да Биљарду уступи за потребе богословије, она користи три одвојена објекта. У згради Црквеног суда су смештене учионице и администрација богословије. У превременом монтажном објекту који је подигнут 1996. године, налазе се трпезарија, кухиња, магацин и купатила. Зграда старе богословије служи као интернат.
Патријарх Павле је 1993. године освештао камен темељац за нову зграду Цетињске богословије, која никада није подигнута.