За дописног члана САН-а изабран је 30. јануара1903, а 3. фебруара1906. постао је редовни члан. Томић је ударио основе критичке историографије турског периода српске историје (XV—XIX века).
Новим архивским документима осветлио је многе мрачне моменте из прошлости. То га је довело у сукоба са старим романтичарским схватањима о прошлости српског народа, нарочито о историји Црне Горе.
Објавио је 60 књига и брошура, преко 40 чланака и расправа, велики број критика, реферата и полемика. Бавио се и објављивањем архивске грађе.