Године 1575, Холандска република у настајању није имала ниједан универзитет у свом северном делу. Једини други универзитет у Хабзбуршкој Холандији био је Универзитет у Левену у јужном Левену, чврсто под шпанском контролом. Научна ренесанса је почела да истиче важност академских студија, те је принц Вилијам основао први холандски универзитет у Лајдену, да би Северној Холандији дао институцију која би могла да образује своје грађане у верске сврхе, али и да би земљи и њеној влади дао образоване људи у другим областима.[8][9] Речено је да је избор пао на Лајден као награда за херојску одбрану Лајдена од шпанских напада у претходној години (погледајте опсаду Лајдена и Лајденс Онцет). Иронично, име Филипа II од Шпаније, Вилијамовог противника, појављује се на званичном сертификату о оснивању, пошто је он још увек био де јурегроф Холандије.[10] Филип II је одговорио тако што је забранио било који предмет да се изучава у Лајдену. Првобитно смештен у самостану Свете Барбаре, универзитет се преселио у цркву Фалиде Багијн 1577. године (тамо се сада налази универзитетски музеј), а 1581. у манастир Белих монахиња, место које и даље заузима, иако је првобитна зграда уништена је у пожару 1616. године.[8]
Крајем деветнаестог века, Универзитет у Лајдену је поново постао један од водећих универзитета у Европи. Године 1896, Земанов ефекат је тамо открио Питер Земан и убрзо након тога је дато класично објашњење од стране Хендрика Антона Лоренца.[12] У првој светској универзитетској лабораторији за ниске температуре, професор Хејке Камерлинг Онес постигао је температуру од само један степен изнад апсолутне нуле од -273 степена Целзијуса. Године 1908, он је такође био први који је успео да утечнио хелијум и може му се приписати откриће суперпроводности у металима.[13]
Добитници Стевинове награде који су постигли изузетан успех у области размене знања и утицаја на друштво су следећи професори из Лајдена: здравствени психолог Андреа Еверс, имунолошки технолог Тон Шумахер и психолог Џуди Месман.[27] Међу осталим водећим професорима су Вим Блокманс, професор средњовековне историје, и Вилем Аделар, професор америчких језика.
^Schnappen, H. (1960). Niederländische Universitäten und deutsches Geistesleben von der Gründung der Universität Leiden bis ins späte 18. Jahrhundert. Neue Münstersche Beiträge zur Geschichtsforschung. 6. Münster. OCLC3783378.
Willem Otterspeer: Good, gratifying and renowned. A concise history of Leiden University. Transl. by John R.J. Eyck. Leiden, 2015. ISBN978-90-8728-235-6
Heinz Schneppen: Niederländische Universitäten und deutsches Geistesleben. Von der Gründung der Universität Leiden bis ins späte 18. Jahrhundert, Münster 1960. Neue Münstersche Beiträge zur Geschichtsforschung Bd. 6
Harm Beukers [et al].: Album Scholasticum academiae Lugduno-Batavae MCMLXXV-MCMLXXXIX. (1575–1989), Leids Universiteits-Fonds, Leiden, 1991
R.E.O. Ekkart: Athenae Batavae. De Leidse Universiteit / The University of Leiden 1575-1975. Universitaire Pers Leiden, 1975. ISBN90-6021-222-3