Космос-39 је лансиран са космодрома Тјуратам, Бајконур, СССР, 18. августа1964. Ракета-носач Р-14 Чусоваја (рус.Чусовая) (8К65, НАТО ознака SS-5 Skean) са додатим степеном је поставила сателит у орбиту око планете Земље. Маса сателита при лансирању је износила 50 килограма. Космос-39 је био комуникациони сателит.