Био је председник Уставотворне скупштине Чехословачке од 18. јуна до 28. јула1946. године. Дана 15. јуна 1948. године, постао је премијер Чехословачке, заменивши Клемента Готвалда, који је постао председник. По повратку са Стаљинове сахране, Готвалд се разболео од запаљења плућа и умро, након чега га је на месту председника заменио Запотоцки.
Запотоцки је током свог мандата проводио политику толеранције, али је губио утицај пред све већим ангажовањем стаљинистаАнтоњина Новотног. Умро је у Прагу 1957. године, за време трајања председничког мандата.