Лопетеги је почео радити као тренер 2003. године где је провео неколико година на челу шпанских омладинских тимова. Био је тренер младе шпанске репрезентације до 19 година, која је освојила Европско првенство2012. године. Такође је био тренер младе шпанске репрезентације до 21 године, која је освојила Европско првенство2013. године.