Учествовало је 155 клубова из 52 националних савеза.
Ово је била трећа сезона у којој се играло такмичење по групама (познатије под називом Лига УЕФА), које је долазило након два круга квалификација и првог кола. У такмичењу по групама је играло 40 клубова који су били подељени у 8 група са по 5 клубова. Тимови би се, за разлику од такмичења по групама Лиге шампиона састајали по једном (по један клуб би био слободан у сваком колу), а три клуба би се пласирала у наредно коло, шеснаестину финала.
2 Ови клубови су се током сезоне 2005/06. квалификовали за ову сезону УЕФА такмичења као чланови Фудбалског савеза Србије и Црне Горе, али су тренутно чланови Фудбалског савеза Србије, који је званични наследник претходног фудбалског савеза.[2]
4 Због оружаног сукоба који се дешавао у Израелу, УЕФА је одлучила да се ниједан европски меч не може одиграти у тој држави до даљнег. Домаћа утакмица Макабија Хаифа играна 14. септембра је померена у Најмеген, Холандија. УЕФА је 15. септембра укинула забрану, дозвољавајући да се будући мечеви играју у области Тел Авива.[3] Хапоел Тел Авив је могао да одигра своју домаћу утакмицу у Тел Авиву 28. септембра.
5 УЕФА је одредила да се домаћа утакмица Трабзонспора играна 14. септембра игра без пристуства гледалаца након што су у домаћем мечу другог кола квалификација против АПОЕЛ-а бацани предмети на гостујуће навијаче и четвртог судију, а запаљена је и димна бомба. Трабзонспор се жалио, а УЕФА је одбацила жалбу 13. септембра.
1 7. фебруара Влада Италије је одлучила да стадиони Парме и Ливорна не испуњавају услове након нереда одржаних после једне утакмице Серије А на Сицилији. Ливорно је свој меч одиграо 14. фебруара иза затворених врата. Парма је свој меч одиграла 22. фебруара иза затворених врата.
2 УЕФА је 19. јануара објавила да је Фајенорд избачен из такмичења након што је његов навијач бацио чашу пива на противничког играча Мортена Гамста Педерсена у утакмици Групе Е на домаћем терену против Блекберн роверса. УЕФА је 25. јануара саопштила да се Тотенхем хотспер директно пласирао у наредно коло, осмину финала. Ово је потврђено након коначне жалбе.
