Након окупације Југославије1941, укључио се у припреме за оружани устанак. Јуна 1941, постао је командир Семичке групе Прве белокрањске партизанске чете, а убрзо и њен политички комесар.
Када је прва белокрањска чета кренула према срезовима Кршко и Брежица да би учествовала у спречавању и саботажи присилног исељавања Словенаца од стране немачких нациста, на путу их је код села Горње Лазе у ноћи између 2. и 3. новембра 1941. открила и издала италијанским снагама група кочевских Немаца. Италијани су убрзо ухватили и Јожета.
Јоже Михелчич био је први на подручју окупиране Словеније који је осуђен на смрт стрељањем пред ратним војним судом II италијанске армије у Љубљани. Погубљен је 9. децембра 1941. године на војном стрелишту Сухи Бајер у Љубљани.