Cerkev je prvič omenjena v listinah iz 14. stoletja. 30. oktobra leta 1370 so pred cerkvijo Habsburžani z Beneško republiko podpisali sporazum o vrnitvi Trsta Benetkam v zameno za 75,000 zlatnikov.
Z graditvijo nove cerkve, cerkve sv. Frančiška, v 20. letih 20. stoletja je cerkev izgubila svoj pomen, saj je postala premajhna. Danes je tako podružnična cerkev, v kateri se izvaja sveta maša le enkrat tedensko.
Cerkev je bila leta 2009 razglašena za kulturni spomenik državnega pomena v sklopu Plečnikovih del; slednji je namreč pred drugo svetovno vojno izdelal načrt za popolno preureditev cerkve (pročelja, nov odprt hodnik, uredili stopnišče, zasadili drevje).[2]