Rođen je 1826. godine u mjestu Saint-Rémy-sur-Avre kao sin bogatog engleskog tvorničara i njegove supruge Francuskinje. Waddington je školovanje započeo u Francuskoj, ali ga je dovršio u Engleskoj, na dva koledža u sklopu Sveučilišta u Cambridgeu. Puno je putovao po istočnom Mediteranu te je pisao o bliskoistočnim i rimskim antikvitetima, što mu je 1865. godine donijelo članstvo u Académie des Inscriptions et Belles-Lettres. U ovom se periodu oženio američkom spisateljicom Mary Alsop King, s kojom je imao sina Francisa Richarda. Dva se puta neuspješno kandidirao za Zastupnički dom prije nego je 1871. izabran kao nezavisni zastupnik. Godine 1876. postaje senator. U svibnju 1873. godine, Waddington je nekoliko dana bio ministar obrazovanja, poziciju koju će ponovo držati od 1876. do 1877. godine. U prosincu 1877. postaje ministar vanjskih poslova te predstavlja Francusku na Berlinskom kongresu1878. godine.
Izbori u siječnju 1879. godine ojačali su položaj umjerenih republikanaca i prisilili predsjednika Mac Mahona na ostavku. Njegov nasljednik, Jules Grévy, imenovao je Waddingtona premijerom 4. veljače te iste godine, djelomično i zato što se bojao da će imenovanje Léona Gambette, karizmatičnog republikanskog vođe, umanjiti njegov vlastiti ugled. Waddington nije, kako se ispostavilo, pokušao nametnuti dominaciju u vladi. Umjesto toga, on je zadržao poziciju ministra vanjskih poslova te je svoj premijerski utjecaj usmjerio na diplomatsko rješavanje situacija u Egiptu i na Balkanu. S druge strane, kasniji premijer i tadašnji član kabineta, Jules Ferry, uveo je mjere kojima je drastično umanjio utjecaj Katoličke crkve na obrazovanje u Francuskoj. To je izazvalo takav skandal da je Waddington 28. prosinca1879. godine morao podnijeti ostavku. Iako ga je 1880. godine odbio, godine 1883. Waddington prihvaća mjesto ambasadora u Ujedinjenom Kraljevstvu te, u tom svojstvu, uspješno vodi pregovore oko Egipta 1884. godine. Mjesto u Senatu izgtubio je 1893. godine.
