PDBsum

PDBSum
Kontent
OpisPregled struktura sadržanih u Proteinskoj banci podataka
Tipovi podatakaProtein structures
Organizamall
Kontakt
Istraživački centarEBI
AutoriRoman Laskovski
Primarna citacijaPMID 9433130
Pristup
Veb stranicaPDBsumn
Alati
Razno
Obeležavajuća etiketayes

PDBsum je baza podataka koja daje pregled sadržaja svih 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.[1][2][3][4]

Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.

Reference

  1. ↑ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (December 1997). „PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures”. Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488–90. PMID 9433130. 
  2. ↑ Laskowski RA (January 2001). „PDBsum: summaries and analyses of PDB structures”. Nucleic Acids Res. 29 (1): 221–2. DOI:10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784. PMID 11125097. 
  3. ↑ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (January 2005). „PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D266–8. DOI:10.1093/nar/gki001. PMC 539955. PMID 15608193. 
  4. ↑ Laskowski RA (January 2009). „PDBsum new things”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D355–9. DOI:10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501. PMID 18996896. 

Povezano

Vanjske veze