Kako Fernando VII nije imao sinova, a nije želeo ni da ga nasledi brat Karlo, uz odobrenje parlamenta ukinuo je salijski zakon koji je onemogućavao ženama dolazak na presto, i koji je uveo Filip V, prvi burbonski vladar Španije. Parlament je izglasao vraćanje starom zakonu o nasleđivanju prema kojem je španski presto mogla naslediti i ćerka monarha ukoliko monarh nema sinova.
Nakon Fernandove smrti 29. septembra1833. godine, Izabela je sa samo tri godine starosti postala kraljica Španije pod imenom Izabela II. Pošto je bila maloletna, njena majka Marija Kristina proglašena je za regenta. Ubrzo je došlo do sukoba između pristalica Marije Kristine koja je branila interese svoje kćerke (isabelista) i pristalica Isabelinog strica, Karla Marije Isidra od Burbona (karlista), koji je ubrzo prerastao u Karlističke ratove.
Marija Kristina je nakon Prvog karlističkog rata (1833—1840) ustupila regentstvo generalu Baldomeru Esparteru, koji je takođe nakon izvesnog vremena bio prinuđen da napusti mesto regenta. Kako bi se izbeglo treće regentstvo, Izabela je proglašena punoletnom sa 13 godina starosti, kako bi mogla biti krunisana.
Vladavina
Tri godine kasnije, za Izabelu je uređen brak sa njenim prvim rođakom, Fransiskom de Asisom Burbonskim. Venčanje Izabele i Fransiska je održano 30. oktobra1846. godine, i Fransisko je dobio titulu kralja, ali nije bio proglašen monarhom i nije dobio nikakva kraljevska ovlašćenja.
U braku sa Fransiskom, Izabela je rodila jedanaestoro dece, od kojih je samo četvoro doživelo punoletno doba. Ni danas nije poznato ko je otac njene dece, budući da je Fransiskova homoseksualnost bila javna tajna. Pošto su Izabela i Fransisko bili brat i sestra kako od tetke, tako i od strica (očevi su im bili braća, a majke sestre), DNK analiza ne bi dala odgovor na pitanje. Verovalo se da je Enrike Puđ i Molto, pripadnik kraljičine straže, bio otac njenog najstarijeg sina, Alfonsa XII.
Kao vladarka, bila je vrlo nepopularna. Pažnju je pridavala ličnim potrebama generala, državnika i Crkve, ali ne i narodu i državnim pitanjima. Njena vladavina obeležena je dugačkim nizom dvorskih intriga i zavera. Izabela je dugo vremena bila marioneta korumpiranih dvorana. Tokom Izabeline vladavine Španija je osvojila deo marokanske teritorije, vodila je rat sa Peruom i Čileom, i sa ustanicima na Kubi i u Portoriku, a odnosi sa SAD su bili napeti.
Egzil, abdikacija i smrt
Godine 1868. Izabela je morala da se suoči s oružanim ustankom protiv njene vlasti poznatim pod imenom Revolucija 1868. ili Gloriosa, koja je završena njenim proterivanjem iz Španije krajem septembra 1868. godine. Francuski car, Napoleon III, pružio joj je utočište
U Parizu25. juna1870. godine Izabela je abdicirala u korist svog sina Alfonsa XII. U međuvremenu, parlament u Madridu priznao je Amadea, vojvodu od Savoje, za španskog kralja, koji je pak abdicirao samo tri godine kasnije. Nakon njegove abdikacije uspostavljena je republika koja je bila kratkog veka i nakon koje je na tron doveden Izabelin sin.
U martu 1870. godine Izabela se odvojila od supruga. Pokušala je da se vrati u Španiju za vreme sinovljeve vladavine, ali nije bila dobro došla. Nakon nekoliko neuspelih pokušaja, odustala je od povratka u domovinu i vratila se u Pariz gde je ostala do kraja života. Umrla je 10. aprila1904. godine.