C-vrednost

C-vrednost je količina DNK sadržana u haploidnom nukleusu (npr. gametu) ili jedna polovina količine u diploidnoj somatskog ćeliji eukariotskog organizma, izražena u pikogramima (1 pg = Šablon:FormattingError). U nekim slučajevima termini C-vrednost i veličina genoma se koriste naizmenično, međutim kod poliploida C-vrednost može da predstavlja dva genoma sadržana unutar istog nukleusa. Greilhuber et al.^[1] su predložili nove nivoe terminologije i odgovarajuće skraćenice radi razjašnjavanja ove materije, ali ti donekle kompleksni dodaci do sad nisu našli širu primenu.

Računanje C-vrednosti

Relativne molekulske težine nukleotida†
Nukleotid	Hemijska formula	Relativna molekulska težina
2′-dezoksiadenozin 5′-monofosfat	C₁₀H₁₄N₅O₆P	331.2213
2′-dezoksitimidin 5′-monofosfat	C₁₀H₁₅N₂O₈P	322.2079
2′-dezoksiguanozin 5′-monofosfat	C₁₀H₁₄N₅O₇P	347.2207
2′-dezoksicitidin 5′-monofosfat	C₉H₁₄N₃O₇P	307.1966

†Izvor tabele: Doležel et al., 2003^[2]

Koristeći podatke iz gornje tabele relativne težine nukleotidnih parova se mogu računati na sledeći način: AT = 615.383 i GC = 616.3711, imajući u vidu da formiranje jedne fosfodiesterske veze uzrokuje gubitak jednog H₂O molekula. Fosfati nukleotida DNK lanca su kiseli tako da je na fiziološkom pH H⁺ jon disociran. Podrazumevajući da je odnos AT i GC parova 1:1, prosečna relativna težina nukleotidnog para je 615.8771.

Relativna molekularna težina se može konvertovati u apsolutnu vrednost množenjem sa jedinicom atomske mase (1 u), koja je 1/12 mase ¹²C, i.e., 1.660539 × 10⁻²⁷ kg. Konsekventno, prosečna težina nukleotidnog para je 1.023× 10⁻⁹ pg, i 1 pg DNK predstavlja 0.978 × 10⁹ baznog para.^[2]

Formule za konvertovanje broja nukleotidnih parova (ili baznih parova) u pikograme DNK i vice-versa su:^[2]

veličina genoma (bp) = (0.978 x 10⁹) x DNK sadržaj (pg)

DNK sadržaj (pg) = veličina genoma (bp) / (0.978 x 10⁹)

1 pg = 978 Mb

Reference

↑ Greilhuber J, Doležel J, Lysák M, Bennett MD (2005). „The origin, evolution and proposed stabilization of the terms 'genome size' and 'C-value' to describe nuclear DNA contents”. Annals of Botany 95 (1): 255–60. DOI:10.1093/aob/mci019. PMID 15596473.
↑ ^2,0 ^2,1 ^2,2 Doležel J, Bartoš J,Voglmayr H, Greilhuber J (2003). „Letter to the editor: Nuclear DNA Content and Genome Size of Trout and Human”. Cytometry 51A (2): 127–128. DOI:10.1002/cyto.a.10013. PMID 12541287.